Rinnegan - jest najpotężniejszym i zarazem przez długi czas najbardziej tajemniczym Kekkei Genkai. Wraz z dwoma innymi, Sharinganem i Byakuganem wchodzi w skład trzech wielkich Doujutsu. Oczy te, zdecydowanie przewyższające swych dwóch "braci"[nie wiadomo jak z EMS'em], dają użytkownikowi niewyobrażalną potęgę i umiejętności, które można przypisać tylko Bogu. Rinnegan, przez długi okres czasu uważany był jedynie za mit, nawet sam Jiraiya twierdził, iż oczy te to jedynie legenda. Według najstarszych opowieści pierwszym posiadaczem tego Kekkei Genkai był sam Mędrzec Sześciu Ścieżek - Rikudou Sennin. Prawdopodobnie pierwszy shinobi w świecie ninja, przez wielu ludzi uważany za Boga, który dzięki swym legendarnym oczom dał początek wszystkim Ninjutsu. Drugim użytkownikiem "boskiego" Rinnegan`a był Nagato - sierota, która straciła rodziców podczas Pierwszej Wielkiej Wojny. Młody ninja, nie wiedząc o swej wyjątkowości używał swego Kekkei Genkai nieświadomie - gdy jego ciało ogarniała złość, nienawiść i chęć zemsty potrafił pokonywać o wiele potężniejszych przeciwników od siebie. Z upływem czasu Nagato dorósł i zrozumiał, że jest kimś więcej, niż przeciętnym ninja. Wtedy to stworzył wokół siebie tajemniczą otoczkę - ukrył się pod nowym, tajemniczym imieniem - Pain, a dowiedziawszy się, że posiada takie same oczy co Mędrzec Sześciu Ścieżek zaczął uważać się za Boga i Zbawiciela.
Oprócz umożliwienia użytkownikowi dużo szybszego opanowania różnego rodzaju ninjutsu, Rinnegan daje możliwość używania wszystkich pięciu żywiołów Chakry. Oczy te potrafią zobaczyć Chakrę przeciwnika, tak samo jak Sharingan i Byakugan.

KEKKEI GENKAI:
Rinnegan




TECHNIKI KLANU (Podanych niżej technik może mieć i nauczyć się tylko członek klanu)

BANSHOU TENNIN

Technika pozwala przyciągać rzeczy, a nawet ludzi do siebie. Wszystko to za sprawę iż posiadacz Rinnegana kontroluje siły magnetyczne i grawitacyjne.

CHIBAKU TENSEI

Układamy ręce tak jakbyśmy chcieli klasnąć , a następnie pojawia się pomiędzy nimi fioletowa kulka.Rozsuwamy ręce a ona się powiększa.Leci do góry i przyciąga wszystko.Budynki , drzewa , skały i ludzi.Najpierw istoty ludzkie.Potem inne przedmioty.Wszystko to zostaje zgniecione i formuje się w kule jakby uformowana z piachu.Ona się zmniejsza , automatycznie miażdżąc wszystko co zostało przyciągnięte.Gdy kula się zmniejsza do właściwych rozmiarów , zmienia kolor znowu na fioletowy i znika.

KUCHIYOSE: CHIKAO NO JUTSU

Dzięki tej technice możemy przyzwać wszystkie ciała , lub po jednym które następnie kontrolujemy.

SHINRA TENSEI

Technika stojąca na bardzo wysokim poziomie. Wystawiamy dłoń do przodu. W tym momencie użytkownik posiada umiejętność odpychania ludzi, rzeczy, a nawet Jutsu od siebie. Wygląda na to, że kontroluje siły grawitacyjne i magnetyczne. Po dłuższym skupieniu użytkownik potrafi wzmocnić technikę kilkakrotnie, że nawet może zniszczyć wioskę.
Jutsu ma również wadę. Użytkownik musi odczekać 5s by wykonać technikę ponownie(czyli 1 kolejkę).

KOCHYIO NO JUTSU

Jest to umiejętność która może być użyta tylko dzięki Rinneganowi. Widzimy to co pozostałe ciała, nawet gdy nie widzimy tego samego celu.

UKOJIZAI NO JUTSU

Ta technika pozwala sprawić, że kontroluje się pogodę np: może być silna ulewa, a za chwile może przestać padać.Gdy zrobimy zachmurzone niebo , to jakby mamy oczy na chmurach.Przydatne jest to jak chcemy widzieć wszystko z wysoka.Nawet przenieść energię do deszczu aby deszcz znalazł nawet prawdziwą osobę jeśli ona zrobi klony , znaleść wybraną osobę i nawet taką , co jest niewidzialna.